Установка программ: 
Нам понадобятся: megui, mkvtoolnix, MKVextractGUI, avc2avi.exe. 
megui и mkvtoolnix - требуют установки (Устанавливаем!!!), MKVextractGUI - установки не требует, работает из своей папки. avc2avi.exe - "запчасть" от megui (самостоятельно не работает) 
Из папки C:\Program Files\MKVtoolnix копируем: mkvextract.exe, mkvinfo.exe, mkvmerge.exe в папки C:\Program Files\megui и папку MKVextractGUI. Без этих экзешников megui и MKVextractGUI не будут работать с MKV файлами. 
в папку C:\Program Files\megui копируем файл avc2avi.exe.

1. MP4->MKV 
Открываем программу MeGUI. В верхнем меню пункт Tools->Muxer->MKV Muxer. Появляется новая панель. Выбираем Video Input - можно просто перетащить туда MP4 файл или нажав кнопку в конце строки указать путь к нему в проводнике. 
Если автоматически не появилось значение FPS - указать вручную, нажав на кнопку со стрелкой вниз. Внизу можно указать Muxed Output - как назвать и в какую папку сохранить получившийся файл. Настройки сделанны - нажимаем кнопку Queue. Файл встал в очередь на обработку, вкладка автоматически закрылась. 
В основном окне MeGUI находим вторую вкладку - Queue. В очереди на обработку стоит наш файл. Нажимаем кнопку Start (Внизу). При первом запуске выскочит окно предупреждения - нажать ОК, в следущем окне тоже ОК. В указанной нами папке (или рядом с исходным файлом) появился файл с названием "исходный файл"-muxed.mkv.

2. MKV->H264 
Запускаем программу MKVExtract GUI. На вкладке General перетаскиваем или вводим Input - наш исходный (или только что полученный) MKV файл. Появляется список Content - содержимое этого файла: видеопотоки, аудиопотоки, субтитры. Ставим галочку у нужного нам потока (Видео). Output - можно выбрать, в какую папку сохранить полученный файл. Нажимаем кнопку Extract. После появления окна Files demuxed sucessfully! нажимаем ОК и закрываем программу (или переходим к следующему файлу). 
В папке, куда мы сохраняли файлы появилось два новых - "исходный файл"-muxed_Chapters.txt - его сразу удаляем, он не нужен. Второй файл, "исходный файл"-muxedM_Track1.h264 переименовываем из "файл".h264 в "файл".264. это - чистый видеопоток без звука и софтсабов (если они были раньше). Если нужно получить из MKV-файла звук или субтитры - ставим соответствующие галочки при настройке Content.

3. 264->AVI 
Опять запускаем MeGUI. находим Tools->Muxer->AVC2AVI. Появляется окно муксера, полностью аналогичнное МКВ-муксеру. Video Input - полученный файл .264 (Другие форматы этот муксер не понимает). Настраиваем (если надо) выходную папку, нажимаем кнопку Queue. На вкладке Queue нажимаем кнопку Start. ВСЕ!!! 
Мы получили файл формата AVI, содержащий то-же самый видеопоток, что и в начальном файле без пережатия (соответственно - не теряя качество и не увеличивая его размер), просто прекладывая его из контейнера в контейнер. Этот AVI файл чаще всего нормально открывается Дабом или Вегасом. Ненужные промежуточные файлы (.MKv и .264) можно сразу удалить.

Более продвинутый способ извлечения видео из МП4 и МКВ: http://forums.akross.ru/cgi-bin....;t=4767